＜はじめに：　この回答はご相談のあった２０００年１１月に
　　　　　　　すでにご相談者あて回答したものですが、
　　　　　　　当相談コーナーのシステム改善の都合上、
　　　　　　　再度編集して掲示しております、ご了承ください。
　尚、金額的な内容は時間変動しますので、新規にご相談下さいます様お願い致します。＞



これは契約時での当事者相互の確認ミスです。

あなたは
工事内容はそのままで
全体工事額から出精値引きを行った・・・と考えていた

建築会社は
工事内容から項目（工事内容）削除と判断した

解釈の違いとはいえ
「値引き」と「項目（工事内容）削除」はまるで違います。
「項目（工事内容）削除」は「値引き」とは言わない。

合意書を交わした内容からすればあなたの見解が一般的と考えます。
何のための合意書なのか？
このあたりはきちんと要求した方がよろしいと思います。
「給排水取出し」も項目（工事内容）削除となれば
水道の引き込みはどうなるのでしょうか？

今回のようなケースがあった場合
見積書に記載なきことは全て追加工事となることが予測されます。
十分な図面と詳細の見積書を要求しましょう。