＜はじめに：　この回答はご相談のあった２００１年５月に
　　　　　　　すでにご相談者あて回答したものですが、
　　　　　　　当相談コーナーのシステム改善の都合上、
　　　　　　　再度編集して掲示しております、ご了承ください。
　尚、金額的な内容は時間変動しますので、新規にご相談下さいます様お願い致します。＞



この問題は「通し柱」だからダメ・・・という問題ではなくて
ご指摘の通り「柱の欠損」だから問題があるととらえてください。
一般の工事業者でもこのあたりのことは十分わかっているうと思います。

改修の計画に当たってそれなりに方法論が出てきますので
これらを検討することで問題は回避できます。
ちなみにこの柱の欠損に対する問題解決は
「補強」以外ありません。
十分に工事業者さんとお話し合いを深めていただくことが重要です。