＜はじめに：　この回答はご相談のあった２００１年５月に
　　　　　　　すでにご相談者あて回答したものですが、
　　　　　　　当相談コーナーのシステム改善の都合上、
　　　　　　　再度編集して掲示しております、ご了承ください。
　尚、金額的な内容は時間変動しますので、新規にご相談下さいます様お願い致します。＞



設計図面に記載のあるものは工事費の中に入っている
と考えるのが一般的です。
それ以外のもので設計図面にないのものを後から変更追加したものは
追加工事費の内容となります。
設計図面は契約書の内容を言葉ではなく線に置き換えて具体的に
建物ができあがるように表記したものですので
契約そのものです。
内容に変更があればどのようにするかまで書かれているのですがそのあたりはいかがでしょうか？

病院兼ご自宅ということですので想像するに設計図面枚数だけでも
８０枚超となると思いますがこれが建築業者に設計から任せますと
概ね２０枚くらいの内容となり決め事の細部がない状態で
建物を完成させた経緯はあります。

結果、処方箋もない状態で手術をし薬を投与するわけですから
どのようになってしまうかはご自身でもわかることかと思います。
冷たいようですが「契約内容」がすべてとなります。
きちんと契約書を交わしているのであればこの内容を再読してください。
ちなみに設計士は建築会社の下請け設計事務所ではありませんか？