＜はじめに：　この回答はご相談のあった２００１年１１月に
　　　　　　　すでにご相談者あて回答したものですが、
　　　　　　　当相談コーナーのシステム改善の都合上、
　　　　　　　再度編集して掲示しております、ご了承ください。
　尚、金額的な内容は時間変動しますので、新規にご相談下さいます様お願い致します。＞




基本的には司法書士のミスでしょうか？
地下駐車場も入れて登記すべきものですが
一般的には司法書士は図面に基づいて登記をしますので
もしかすると司法書士が間違える原因を工務店が作図に網羅せずに
建築の確認申請時点で申請していないことが考えられますが
いかがですか？

お手元の建築確認申請図面や確認申請書の中に
この地下駐車場の面積が入っていますでしょうか？
記載がない場合は工務店のミスとなります。

本来は地下駐車場は自分がする工事でなくとも建築確認申請で
既存建物として記載し、既存部分として面積算入しなければなりません。
ご確認ください。
工務店の負担で追加登記をしてもらうことをお勧めします。

登記が未登記ですと将来的にこの問題が発覚した場合
追徴があります。
登記しないことも考えられますが
市役所が来ている以上、未登記というわけにはいかないのでは？